La salud materno infantil y la investigación - acción en la comunidad fue el hilo conductor del desarrollo del IDIP.
La primera reunión del Comité Asesor Internacional, en el año 2003, emitió las primeras recomendaciones. Una de las más destacadas fue la sugerencia de focalizar los esfuerzos de investigación en tres grandes áreas: Nutrición, Inmunología  e Infecciones.
Luego de dos años de trabajo se fueron consolidando nuevas temáticas que en la actualidad tienen un espacio importante: salud fetal y perinatal, medioambiente y salud, y la evaluación de impacto de programas.
La creación futura de un observatorio de salud infantil basado en el seguimiento de niños sanos desde el nacimiento hasta la adolescencia, permitirá la apertura de nuevas líneas de investigación.
El proceso de apertura y consolidación de las líneas de investigación es un proceso de integración que depende de la posibilidad de desarrollo de los investigadores, del interés común de las temáticas y de la posibilidad de financiamiento.
Las líneas de investigación vigentes lograron el afianzamiento de cada uno de los aspectos antes mencionados.